Mercator skrbi za svoje zaposlene. Ko se znajdejo v stiski zaradi bolezni, naravnih nesreč ali drugih nepredvidljivih dogodkov, ki ogrozijo njihovo socialno varnost, jim priskoči na pomoč za to ustanovljena Ustanova Humanitarna fundacija Mercator. Poleg dodatnega zdravstvenega zavarovanja Mercator zaposlenim omogoča tudi ugodnejše pogoje za sklenitev prostovoljnega kolektivnega nezgodnega zavarovanja, zavarovanja za potovanje v tujino in zavarovanja osebnih vozil. Zaposlenim so na voljo tudi številne počitniške kapacitete na različnih turistično privlačnih lokacijah po Sloveniji. Posebne ugodnosti in dodatno pomoč nudita tudi oba sindikata, ki delujeta v sklopu podjetja.