Mercator skrbi za svoje zaposlene. Ko se znajdejo v stiski zaradi bolezni, naravnih nesreč ali drugih nepredvidljivih dogodkov, ki ogrozijo njihovo socialno varnost, jim priskoči na pomoč za to ustanovljena Ustanova Humanitarna fundacija Mercator.
Poleg dodatnega zdravstvenega zavarovanja Mercator zaposlenim omogoča tudi ugodnejše pogoje za sklenitev prostovoljnega kolektivnega nezgodnega zavarovanja, zavarovanja za potovanje v tujino in zavarovanja osebnih vozil.
Zaposleni imajo možnost aktivnega preživljanja prostega časa in ohranjanja zdravega načina življenja v okviru Planinskega društva Mercator in Športno-kulturnega društva Mercator. Na voljo so tudi številne počitniške kapacitete na različnih turistično privlačnih lokacijah v Sloveniji, zaradi katerih je Mercator družini prijazno podjetje.
Posebne ugodnosti in dodatno pomoč nudita tudi oba sindikata, ki delujeta v sklopu podjetja.
